截至目前,我仅完成了酵母单杂和酵母双杂两个实验项目。在酵母单杂实验中,我主要使用了pGADT7与pAbAi或pHis2的载体组合。值得注意的是,酵母单杂实验并不需要四缺培养基,而是根据所选的载体系统来确定培养基的组成。对于pAbAi系统,我们只需在缺Leu的培养基上添加对应的AbA抗生素;而pHis系统则需在三缺板SD/-Leu/-Trp/-His上进行,无需使用四缺培养基。
通常而言,四缺培养基更多地应用于酵母双杂或更复杂的实验中。在酵母双杂实验中,四缺培养基指的是SD/-Leu/-Trp/-His/-Ade。His和Ade作为报告基因,当两个蛋白发生互作时,它们能够启动合成必要的营养素,从而支持酵母在培养基上的生长。为确保结果的准确性,酵母双杂实验还会采用多个报告基因,如X-α-gal或X-gal显色基因,以排除假阳性现象。
在酵母杂交实验中,尤其是单杂实验,假阳性是一个常见问题。由于BD连接的是启动子,而AD连接的往往是转录因子基因,BD可能会因启动子的特性而产生自激活现象,导致假阳性结果。为了解决这个问题,我们通常使用AbA或3AT来筛选浓度,以减少背景干扰。然而,这种方法的效果并不总是尽如人意。
在单杂实验中,我们有时会遇到一些令人困惑的现象。例如,在单独转化BD后筛选到的AbA或3AT浓度足以抑制酵母生长,但在共转AD和BD后,空载的AD却能在原本应被抑制的抗生素浓度的缺素培养基上生长,且生长状况甚至优于实验组。此外,共转后的多次验证实验也常常出现结果不一致的情况,这增加了实验的不确定性和复杂性。
相较于酵母单杂,我认为酵母双杂的结果更为可靠,这主要得益于其使用的多个报告基因。这些报告基因可以相互验证,从而增加实验的准确性。然而,酵母双杂同样面临一些问题,特别是在筛选浓度后的共转过程中,空载的AD有时也能生长。这种情况在验证转录因子之间的互作时尤为常见,可能是因为转录因子本身具有较强的自激活现象。针对这一问题,我们通常采用截短分析的方法来解决。
对于酵母双杂实验,如果空白AD与带有目的蛋白的BD共转(作为阴性对照)在三缺板上能生长而在四缺板上不能生长,这可能意味着两者之间存在轻微的互作,或者BD具有自激活现象。然而,由于四缺板上不长,因此这个组合仍可用作阴性对照,与实验组进行对比。相反,如果实验组在四缺板上不能生长,则表明两个蛋白之间没有发生互作。只有互作发生,酵母才能在四缺板上生长。
如果你使用的是Y2HGold或Y187体系,还可以利用X-α-gal溶液进行涂板。如果出现蓝色,则证明两个蛋白可以发生互作。通过综合考虑抗生素浓度、His、Ade以及显色反应等因素,我们可以得出酵母双杂实验中最为可靠的结果。
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