请问甲醇在western blot各步骤中的分子机制是什么？

这是一个深入且值得探讨的问题。关于甲醇处理PVDF膜的原理，我们常听到的“活化正电基团，使膜更易与蛋白质结合”的说法其实并不准确，因为PVDF膜本身并不带电。所谓的“活化”概念也较为模糊。更精确的表述应该是：甲醇处理有助于PVDF膜变得可浸润。

具体来说，PVDF膜因其疏水性特性并不易被常规的转膜液所浸润。因此，在使用前需要进行预处理，以实现更好的浸润效果。甲醇是一种常见的预处理方法，通过浸润PVDF膜，可以使其微孔内的空气被低表面张力的甲醇所替换，从而便于后续的水或缓冲液进入膜中的微孔，此时原本白色的PVDF膜会转变为半透明状态。

至于甲醇与SDS的关系，我们知道SDS的疏水结构能够插入蛋白质的疏水内部，进而破坏蛋白质的疏水作用，导致其高级结构解体并展开。PVDF膜通过偶极和疏水作用吸附蛋白，但当SDS占据了蛋白的疏水区域时，膜与蛋白的结合能力会减弱，从而影响穿膜效果。甲醇在转膜液中的作用之一就是破坏SDS与蛋白的结合，增强蛋白的疏水作用，从而增强蛋白与膜的结合能力。这种作用可能是通过甲醇在电场中解离并带正电，与带负电的SDS结合，进而将SDS从蛋白上洗脱下来实现的。