对摩托车排气系统进行改装后，是可以进行备案的。按照规定流程，已经完成登记的摩托车，若对其排气管进行了改装，需要前往车辆管理部门进行变更登记，并由交通管理部门进行备案。在进行变更备案申请时，机动车的所有人必须对申请信息进行确认。

参考《机动车登记规定》，对于那些已经注册登记的机动车，在以下所列的情况下，车辆所有人应当在信息或事项发生变更后的30天内，向所在地车辆管理所提出变更备案申请：

1. 车辆所有人的住所迁移到车辆管理所管辖的区域内，或者车辆所有人的姓名（单位名称）发生变更。

2. 车辆所有人的身份证明名称或者号码发生变更。

3. 车辆所有人的联系方式发生变更。

4. 因磨损、锈蚀、事故等原因导致车辆识别代号难以辨认或者损坏。

5. 小型、微型自动挡载客汽车安装、拆除或更换了供肢体残疾人使用的操纵辅助装置。

6. 载货汽车、挂车安装、拆除了车用起重尾板。

7. 在不改变车身主体结构并确保安全的前提下，小型、微型载客汽车加装了车顶行李架，或者更换了不同样式的散热器面罩、保险杠、轮毂；需注意，更换轮毂时不得改变轮胎的规格。

在申请变更备案时，机动车所有人需按照以下规定进行操作：

1. 对于上述第一种情况，需提交身份证明、机动车登记证书以及行驶证。车辆管理所应在受理申请之日起一日内，在机动车登记证书上记录备案事项，并重新核发行驶证。

2. 对于上述第二种情况，需提交身份证明和机动车登记证书；若涉及身份证号码变更，则还需提供相关变更证明。车辆管理所应在受理之日起一日内，在机动车登记证书上记录备案事项。

3. 对于上述第三种情况，机动车所有人仅需提交身份证明。车辆管理所应在受理申请之日起一日内完成备案处理。