科目二缺考没有处罚，只不过是本次考试会按照不通过计算，需要缴纳补考费十日后重新预约考试，但是会占用一次科目二的约考机会。
根据《机动车驾驶证申领和使用规定》
第四十六条：申请人因故不能按照预约时间参加考试的，应当提前一日申请取消预约。对申请人未按照预约考试时间参加考试的，判定该次考试不合格。
第四十七条：每个科目考试一次，考试不合格的，可以补考一次。不参加补考或者补考仍不合格的，本次考试终止，申请人应当重新预约考试，但科目二、科目三考试应当在十日后预约。科目三安全文明驾驶常识考试不合格的，已通过的道路驾驶技能考试成绩有效。
在学习驾驶证明有效期内，科目二和科目三道路驾驶技能考试预约考试的次数分别不得超过五次。第五次考试仍不合格的，已考试合格的其他科目成绩作废。
通过【交管12123】缴纳补考费步骤：
具体流程：
1、打开交管12123软件，进入到软件主界面。（图片取自真我GT Neo手机，realme ui3.0系统，交管12123 V2.9.1版本）
2、在软件的主界面点击【更多】。
3、在弹出界面下滑，在驾驶业务中选择考试费缴纳，缴纳考试费即可。
交管12123预约科目二的步骤：（图片取自真我GT Neo手机，realme ui3.0系统，交管12123 V2.9.1版本）
打开交管12123app。
进入主页后点击【更多】。
往下拉点击【考试预约】。
然后选择考场。
选好考场之后，选择考试场次。
选好考试场次后，会出现阅读须知，仔细看下考试的时间，阅读完后点击【阅读完同意】。
系统会发个验证码，输入收到的验证码。然后就预约好了，系统会在第二天提醒是否预约成功。
